一是排放權(quán)發(fā)放超過實際排放量問題。例如，在2005 年，所發(fā)放的排放權(quán)超過實際排放量4%，沒有一個產(chǎn)業(yè)的排放權(quán)處于短缺狀態(tài)，鋼鐵、造紙、陶瓷和廚具部門的排放權(quán)發(fā)放量甚至超過實際排放量的20%。排放權(quán)總量過多，導(dǎo)致排放權(quán)價格下降，環(huán)境約束軟化，企業(yè)失去采取措施降低二氧化碳排放的積極性。針對這個問題，歐盟在排放體系實施的第二階段，下調(diào)了年排放權(quán)總量。調(diào)整后的年排放權(quán)平均比2005 年低6%。

二是排放權(quán)免費分配問題。第一階段排放權(quán)是免費發(fā)放給企業(yè)的，并且電力行業(yè)發(fā)放過多，結(jié)果電力行業(yè)并沒有用排放權(quán)抵免實際排放量，而是把排放權(quán)放到市場上出售，獲取暴利。在第二階段，政府提高了許可權(quán)拍賣的比例，并降低了電力部門的發(fā)放上限，迫使電力企業(yè)采取措施降低碳排放。

三是微觀數(shù)據(jù)的缺失問題。歐盟排放交易體系試運(yùn)行時，工廠層次上的二氧化碳的排放數(shù)據(jù)是不存在的，排放權(quán)只能根據(jù)估計發(fā)放給企業(yè)，由此排放權(quán)發(fā)放過多、市場價格大幅波動等諸多問題。但歐盟利用三年試驗期，不斷地收集、修正企業(yè)層次上的碳排放的數(shù)據(jù)，現(xiàn)已建立龐大的能支持歐盟決策的關(guān)于企業(yè)碳排放的數(shù)據(jù)庫。