“分配”是指在設(shè)定排放總量、確定排放交易體系的適用范圍、行業(yè)覆蓋范圍和監(jiān)管重點(diǎn)后向市場參與者分發(fā)配額。由于配額具有市場價(jià)格，因此其整體價(jià)值甚為可觀。

配額的分配可為高度政治化的進(jìn)程，涉及諸多考量因素。通常存在兩類配額分配的基本機(jī)制：免費(fèi)分配與拍賣。排放配額可根據(jù)“祖父制”（grandfathering）或基準(zhǔn)線（benchmark）進(jìn)行免費(fèi)分配。“祖父制”系指以某一給定基準(zhǔn)期的歷史排放水平為主要考量的分配方式，基準(zhǔn)法則是根據(jù)某一給定產(chǎn)品組或行業(yè)的績效評價(jià)確定排放配額的分配方式。拍賣法允許政府通過拍賣方式分配配額。該種分配方式提供了價(jià)格發(fā)現(xiàn)機(jī)制，并通過為政府創(chuàng)收提供政府額外資金，以用于實(shí)施進(jìn)一步氣候保護(hù)措施或補(bǔ)償消費(fèi)者因碳價(jià)而產(chǎn)生的額外成本。

免費(fèi)分配有助于解決對競爭力的擔(dān)憂（如碳泄漏）以及弱化碳價(jià)對消費(fèi)者的經(jīng)濟(jì)影響。根據(jù)各項(xiàng)基準(zhǔn)線分配免費(fèi)配額有助于獎(jiǎng)勵(lì)先期行動(dòng)：給予業(yè)已實(shí)現(xiàn)有效減排的企業(yè)主體更多的免費(fèi)配額。拍賣具有實(shí)現(xiàn)排放總量的價(jià)格發(fā)現(xiàn)功能，最終可確保配額分配的透明度。由于拍賣給出有關(guān)實(shí)際減排成本與實(shí)際碳價(jià)格的清晰訊號，并降低投資決策難度。因此，理論上拍賣是最具環(huán)境效益的分配方式。此外，難以設(shè)計(jì)能夠確保不同行業(yè)間不出現(xiàn)競爭扭曲現(xiàn)象的免費(fèi)配額分配方式。