目前核算指南所提供的核算方法尚偏向理論，但由于企業(yè)實際情況不一，工藝流程繁雜，因此指南中所列之規(guī)則很難指導(dǎo)具體實際的核算工作。從補充數(shù)據(jù)表的設(shè)計來看，盡管補充數(shù)據(jù)表已經(jīng)傾向完善，但在一些具體細(xì)節(jié)問題方面，規(guī)則仍不清晰，專家組成員之間理解不同，不同地方的主管部門之間對規(guī)則理解也不一致，導(dǎo)致不同核查機構(gòu)和地方主管部門對核查方式的處理千差萬別，各省市的核算結(jié)果可能也存在一定偏差，這也對后續(xù)的配額分配造成了挑戰(zhàn)。

為了確保數(shù)據(jù)質(zhì)量，核查機構(gòu)之間也有相互的核查，主管機構(gòu)也會對核查部門的核查結(jié)果進(jìn)行抽查。但是這種方法效率較低，且成本較高。數(shù)據(jù)的可信度應(yīng)有賴于規(guī)范的標(biāo)準(zhǔn)體系。新頒布的核查要求強調(diào)了行業(yè)內(nèi)的一致性，包括在核算方法、公式參數(shù)選擇的要求等技術(shù)方面的一致性。國家應(yīng)對核查技術(shù)規(guī)則和方法制定全國統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)并進(jìn)行統(tǒng)一的培訓(xùn)，有助于各核查機構(gòu)把握準(zhǔn)確的尺度。